IB0054606-02 A v
OFED+ Host Software Release 1.5.4
User Guide
Configuring for ssh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-40
Configuring ssh and sshd Using shosts.equiv . . . . . . . . . . 3-40
Configuring for ssh Using ssh-agent . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-43
Process Limitation with ssh . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-44
Checking Cluster and Software Status. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-44
ipath_control . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-44
iba_opp_query . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-45
ibstatus . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-46
ibv_devinfo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-47
ipath_checkout . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-47
4 Running MPI on QLogic Adapters
Introduction. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
MPIs Packaged with QLogic OFED+ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
Open MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
Installation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Setup . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Compiling Open MPI Applications. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Create the mpihosts File. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-3
Running Open MPI Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-3
Further Information on Open MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-4
Configuring MPI Programs for Open MPI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
To Use Another Compiler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-5
Compiler and Linker Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-7
Process Allocation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-7
IB Hardware Contexts on the QDR IB Adapters. . . . . . . . . . . . . 4-8
Enabling and Disabling Software Context Sharing . . . . . . . . . . . 4-9
Restricting IB Hardware Contexts in a Batch Environment . . . . 4-10
Context Sharing Error Messages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-11
Running in Shared Memory Mode . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-11
mpihosts File Details. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-12
Using Open MPI’s mpirun . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-13
Console I/O in Open MPI Programs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-14
Environment for Node Programs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-15
Remote Execution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-15
Exported Environment Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-16
Setting MCA Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-17
Environment Variables. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-18
Job Blocking in Case of Temporary IB Link Failures . . . . . . . . . . . . . . 4-20
Open MPI and Hybrid MPI/OpenMP Applications . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-21