Contents
iv TraceFinder Lab Director User Guide Thermo Scientific
Chapter 2 Using Compound Databases in the Method Development Mode. . . . . . . . . . . . .37
Using the Compound Database View for Small Molecules . . . . . . . . . . . . . . . . 38
Tree View Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
Peak View Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
Compound Details Pane for Small Molecules . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
Using the Compound Database View for Peptides . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
Tree View Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 48
Peak View Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
Compound Details Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 56
Linking Internal Standards . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
Using the Peptide Predictor Wizard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 59
Using the Peptide Modifications Editor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
Importing and Exporting. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
Data Columns with Default Values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
Chapter 3 Using Instrument Methods in the Method Development Mode . . . . . . . . . . . . . .93
Chapter 4 Using the Method Development Mode for Quantitation Methods. . . . . . . . . . . .97
Configuring Method Views. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 99
Creating a Master Method Workflow Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 100
Opening a Quantitation Method. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
Starting a New Quantitation Master Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Selecting a Workflow Template. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Starting a New Method with Method Forge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Importing an Xcalibur Master Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Starting a Blank Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Starting a Method Using the Compound Database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
Editing a Quantitation Method. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
Modifying Retention Times . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 124
Editing the Acquisition Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 126
Editing the Processing Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
Editing the Compounds Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 137
Editing the QAQC Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224
Editing the Groups Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Editing the Intelligent Sequencing Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 244
Editing the Reports Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 248
Saving a Quantitation Method to a New Name . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 255
Creating a Method Template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256
Exporting Mass Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271
Chapter 5 Using the Method Development Mode for Target Screening Methods . . . . . .273
Opening a Target Screening Method. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275
Starting a New Target Screening Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 277