Contents
Thermo Scientific FreeStyle User Guide 5
Manually Adding, Undoing, and Deleting Chromatographic Peaks . . . . . . . . 102
Manually Adding Chromatographic Peaks. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
Undoing the Last Manually Added Peak . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Deleting Chromatographic Peaks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 103
Importing Components from a Processing Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
Exporting Scans for a Filtered Chromatogram to a New Raw Data File. . . . . . 105
Working with Sequences . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Creating a New Sequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
Comparing Chromatogram Traces in a Sequence . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Chromatogram-specific Toolbars. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
Chromatogram – Display Options Toolbar. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
Chromatogram – Workspace Processing Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
Sequence Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
Chromatogram-Specific Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
Chromatogram View. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 116
Chromatogram Ranges View. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 118
Peaks List View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
Chromatogram-specific Pages in the Info Bar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
Detector Type Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
Trace Type Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
Scan Filters Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 130
Peak Detection Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 131
Genesis Peak Detection Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
ICIS Peak Detection Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
Avalon Peak Detection Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
PPD Peak Detection Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 146
Sequence File Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
Chapter 4 Reviewing Spectral Data. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .151
Displaying the Scan for a Time Point in a Chromatogram . . . . . . . . . . . . . . . 152
Adding Spectrum Views to the Workspace . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
Selecting Spectra from the Spectrum Ranges Dialog Box. . . . . . . . . . . . . . . . . 153
Creating a MultiSpectrum View and Changing Its Spectrum Plots . . . . . . . . . 154
Formatting a MultiSpectrum View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
Linking and Releasing Spectra to and from a Chromatogram . . . . . . . . . . . . . 157
Linkage States for a Spectrum Plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
Releasing a Linked Spectrum from the Chromatogram . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Linking a Spectrum View to a Chromatogram . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Averaging Spectra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 158
Creating an Average Spectrum from the Chromatogram Shortcut Menu. . . 159
Creating an Average Spectrum from the Spectrum Ranges Dialog Box . . . . 160
Subtracting Background Spectra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 161
Using the Tools Commands to Subtract Background Spectra . . . . . . . . . . . 161
Using the Spectrum Ranges Dialog Box to Subtract Background
Spectra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163