Contents
Thermo Scientific LCquan User Guide v
Select a Raw file. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
Complete the Wizard . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
Specifying Method Identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 179
Chromatogram Definition Area. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 180
Retention Time Area . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 183
Peak Integration Area . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 184
Peak Identification Area . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Ion Ratio Confirmation Area. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Summing Ions Dialog Box . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
Chromatogram Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
Specifying Component ID Parameters and Integrating the Peaks . . . . . . . . 191
Defining Peak Integration Parameters . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
IRC Detection Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 208
Identification Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
Ion Ratio Confirmation of Analytes Example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225
Specifying Method Calibration . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 226
Component Type Area . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 227
Target Compound Area. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 228
Component List Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 232
Calibration Shortcut Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 233
Correction for Isotope Contribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 236
Specifying Calibration Options . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 237
Specifying Internal Standards and Target Compounds . . . . . . . . . . . . . . . . 237
Reviewing the Integrated Peaks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 240
Saving the Processing Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241
Importing a Processing Method. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 241
Exporting Components and Levels to an Acquisition Sequence. . . . . . . . . . . . 241
Data Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Toolbar for Selectable Views . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 242
Calibration Curve View for Survey or Review All Results Only . . . . . . . . . . 245
Chromatogram View for Create Method Only . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
Chromatogram View for Survey or Review All Results Only . . . . . . . . . . . . 251
Spectrum View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 256
IRC Chromatogram View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 258
Chromatogram List View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 262
Error Report View. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 263
Filter List View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 264
General Parameters Plot View for Survey or Review All Results Only . . . . . 265
Instrument Method List View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 267
Mass List View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 268
Peak List View for Survey or Review All Results Only . . . . . . . . . . . . . . . . . 270
Sample Info View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271
Status Plot View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 273
Status Report View . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 275