Contents
viii Mass Frontier User Guide Thermo Scientific
Editing the Contributor Text . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 185
Curator Command Processor Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 186
Curator Action Step Pane Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
Toolbar for Each Curator Action Step. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
Curator Action Step Pane Shortcut Menu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 188
Action Step Status . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
Curator Action Steps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 189
Raw Spectra Exclusion Step. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 190
Copy to Filtered Tree Step . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
Select Significant Spectra Step . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 191
Remove Resonance Peaks Step . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
Select Relevant Peaks Step . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 194
Merge Replicate Spectra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 201
Apply Changes to Raw Tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
Assign Fragments (Raw, Filtered) Step. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
Copy to Recalibrated Tree Step . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
Recalibrate Step. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 205
Assign Fragments (Recalibrated) Step . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
Assign Molecular Formulas Step . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 209
Curator – Spectral Pane – Metadata Page . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 210
Downloading Metadata for a Compound . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 211
Chapter 6 Metabolika Pathways Module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .215
Interoperability of the Metabolika Module . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
Opening the Metabolika Window. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 216
Metabolika Home Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
File Group. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218
Copy & Paste Group. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 218
Send Group. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
Edit Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 219
Zoom & Pan Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220
Views Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 220
Metabolika Marks Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221
Metabolika Settings Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221
Common Options Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222
Straight & Arc Options Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222
Orthogonal Options Group. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222
Page Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 222
Metabolika Drawing Tools . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
Draw Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 223
Alignment Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224
Mode Group . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 224
Metabolika Drawing and Viewing Pane . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225
Zoom and Pan Tools. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225
Drawing Pane Shortcut Menu. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225